Năm 1705, có hai vị hoà thượng, pháp danh là Trí Kiên và Trí Thể, quê ở Đông Xuyên, thuộc huyện Nghĩa Hưng, tỉnh Nam Định gặp nhau kết nghĩa làm anh em. Hai nhà sư đều có lòng mộ đạo, muốn đi nhiều nơi để truyền bá đạo Phật và xây dựng các ngôi chùa. Đến đây, thấy núi Bích Động có địa thế tuyệt đẹp và đã có chùa, nên hai nhà sư quyết định dừng chân, tự mình sửa sang chùa cũ, đi quyên giáo xây dựng lại thành 3 ngôi chùa: Hạ, Trung và Thượng để tu hành.
Leo tiếp 30 bậc đá theo sườn núi là lên đến chùa Thượng. Chùa còn được gọi là chùa Đông vì quay mặt ra hướng đông. Trong chùa có tượng Phật Bà Quan Âm. Hai bên chùa có hai miếu thờ: bên phải thờ Thổ địa, bên trái thờ Sơn thần. Cạnh chùa có một bể nước gọi là “bể nước Cam Lồ” của Phật Bà Quan Âm. Từ trên chùa Thượng, du khách có thể ngắm nhìn một phần cảnh quan Hoa Lư. Xa xa, du khách thấy một quả núi nhỏ, đá xếp từng lớp gọi là núi Chồng Sách. Sau núi Chồng Sách là một quả núi lớn gọi là núi Voi. 5 ngọn núi bao quanh chùa Bích Động là “Ngũ Nhạc Sơn” trông như 5 cánh Hoa Sen.Năm Giáp Ngọ 1774, chúa Trịnh Sâm đã đến thăm chùa, nhìn toàn cảnh núi, động, sông nước, đồng ruộng, cây cối đều xanh tươi, chùa như hội tụ nền xanh chùa nên đã đặt tên cho chùa là Bích Động.
Chùa Bích Động là một công trình kiến trúc cổ được xây dựng bằng gỗ lim mái lợp bằng ngói ta không có mấu, mũi lượn tròn, các góc của mái đều có đầu đao cong vút lên như hình lưỡi đao. Chùa Bích Động được xây dựng theo kiểu chữ "Tam" Hán tự, ba toà không liền nhau, tam cấp dọc theo sườn núi, dựa vào thế núi từ thấp lên cao thành 3 ngôi chùa riêng biệt: Hạ, Trung và Thượng.
Chùa Hạ có 5 gian thờ Phật, kiến trúc chùa theo kiểu chữ Đinh. Mái chùa là 2 tầng mái uốn cong, gồm 8 mái. Gian giữa phía ngoài treo bức đại tự “Mạo Cổ Thần Thanh”, để nói lên cái tâm chính của chùa là thanh bạch.
Phía bên phải chùa Hạ, men theo sườn núi leo lên khoảng 80 bậc đá theo hình chữ S tới lưng chừng dãy núi Ngũ Nhạc là đến chùa Trung. Đây là ngôi chùa bán mái chìa ra phía ngoài, một nửa nằm trong hang động, một nửa lộ thiên. Chùa Trung có 3 gian thờ phật. Từ gian bên trái chùa Trung qua cửa hậu đi tiếp vào trong hang, bước 20 bậc đá lên cao khoảng 6m là đến động Tối. Năm Đinh hợi 1707, hai nhà sư Trí Kiên và Trí Thể đã đúc một quả chuông lớn, hiện còn treo ở Động Tối. Bước vào động một khung cảnh tuyệt đẹp hiện ra trước mặt du khách. Những nhũ đá thiên nhiên được gọt rũa tạo nên tiên ông, tiên cô, tiểu đồng, rồng lượn, rùa bơi, chim đại bàng… Gần cửa động bên phải có ba tượng Phật bằng đá uy nghi, sừng sững. Chính giữa là đức Phật Di đà, bên phải là Vân Thù Bồ Tát, bên trái là Quan Âm Thị Kính và hình tượng Lão Thọ bằng đá, biểu tượng cho sự trường tồn bất tử v.v...
Bích Động là một ngôi chùa cổ, dáng nét trang nghiêm mang đậm tính phương Đông. Núi, động và chùa đan quyện, hài hòa lại ẩn hiện giữa những cây đại thụ xanh biếc làm cho cảnh trí ở đây càng thêm thâm nghiêm, huyền hoặc.